W 1798 roku, w trakcie inwazji francuskiej, Stara Konfederacja została zajęta przez wojska Napoleona Bonapartego. W wyniku najazdu Francji, powstała Republika Helwecka - ze scentralizowaną władzą, na wzór francuskiego modelu. Kantony (wcześniej niezależne) zdegradowano do jednostek administracyjnych i zreorganizowano na wzór francuskich departamentów. 

W okresie "helweckim" utworzono nowe kantony: Léman, Oberland, Aargau, Waldstätte, Säntis, Linth, Thurgau, Bellinzona, Lugano, Rhätien, Baden i Fricktal.
Genewa, Mulhouse i Jura z Biel zostały przyłączone do Francji; Neuchâtel pozostał pruskim terytorium, ale stracił wszelkie związki ze Szwajcarią. Stolicą jednolitego państwa był początkowo Aarau.
W latach 1799–1803 miało miejsce cztery zamachy stanu w Helweckiej Republice (między innymi Vaudois F. Laharpe chciał ustanowić autokrację - na wzór Napoleona we Francji). Podział kantonów oraz konstytucja były kilkakrotnie zmieniane.

W 1802 roku, po wycofaniu się wojsk francuskich, doszło do krótkiej wojny domowej między Unitarianami, którzy opowiadali się za scentralizowanym państwem wzorowanym na modelu francuskim, a Federalistami, którzy chcieli przywrócenia dawnych kantonów. Unitarianie jednak mieli niewielkie poparcie wśród ludności ze względu na silnie zakorzenione tradycje federalne.
Dopiero interwencja Napoleona Bonapartego w 1803 roku przywróciła pokój w Szwajcarii. Napoleon zwołał elitę polityczną Szwajcarii do Paryża na Konsultę Helwecką i wspólnie opracowano Akt Mediacyjny - nową konstytucję federalistyczną. Niepodległość kantonów została ponownie wzmocniona; jednolite państwo stało się konfederacją państw.
Zgodnie z aktem mediacyjnym, "Konfederacja Szwajcarska", teraz oficjalna nazwa państwa, liczyła 19 kantonów, których konstytucje również zostały uwzględnione w akcie mediacyjnym. Przywrócono 13 starych kantonów. Dodano nowe kantony: St. Gallen, Graubünden, Aargau, Thurgau, Ticino i Vaud. Ze względu na strategiczne znaczenie przełęczy Simplon dla Francji, Valais najpierw stał się niezależną republiką, a w 1810 roku został częścią Francji.

Do czasu klęski Napoleona w wojnach wyzwoleńczych w jesieni 1813 roku, Szwajcaria była wasalnym państwem Francji. Szwajcarskie oddziały i najemnicy brali udział zarówno w wojnie w Hiszpanii, jak i w kampanii rosyjskiej. W grudniu 1813 roku powstałe przez Napoleona państwo szwajcarskie rozpadło się ponownie pod presją wewnętrznej kontrrewolucji i nacierających wojsk szóstej koalicji.
Na krótko pojawiło się znaczne napięcie między starymi a nowymi kantonami; Szwajcaria stała w obliczu wojny domowej.

Dopiero pod wpływem zewnętrznym ze strony zwycięskiej koalicji wielkich mocarstw suwerenne kantony, luźno zorganizowane w federalnym związku z 1813 roku, zbliżyły się do siebie latem 1814 roku, dzięki czemu 7 sierpnia 1815 roku, z nowo dołączonymi kantonami Genewy, Valais i Neuchâtel, liczba kantonów wzrosła do 22. Tzw. Traktat Federalny ponownie ustanowił Szwajcarię jako konfederację państw.